Hoje tenho o EMEXIS instalado em alguns clientes BRMA e tenho a seguinte dúvida, se atualizar o webmail, perco as configurações existentes?

Olá novamente Edineudo desculpa a demora, não você não perderá basta salvar os arquivos de configuração do emexis da pasta config, e dos arquivos pessoais da pasta data, quando você atualizar basta não sobreescrever esses arquivos.